اعمال حاکمیت ازطرف دولت درسواحل و مدیریت بنادر به‌ منظور فراهم ساختن تسهیلات لازم جهت گسترش امور تجارت دریایی و ارتباطات ساحلی و همچنین وصول حقوق و عوارض بندری بخشی از زمینه‌های فعالیت سازمان بنادر و دریانوردی را دربر می‌گیرد. ازدیگر وظایف این سازمان نظارت کامل درامور کشتیرانی، ثبت کشتی‌ها و شناورهای بازرگانی، اعطای گواهینامه‌های صلاحیت فنی و دریایی به افراد، اجرای قانون دریایی ایران، عضویت در سازمان بین‌المللی و واگذاری امور بندری – دریایی به بخش خصوصی است.